Vier Konföderationen haben jeweils mit dem Bau einer Raumstation im Orbit begonnen, die mit Raumtoren ausgestattet ist. Die Anführer der Konföderationen versuchen, ihren Einfluss in der Odyssey-Kommandozentrale auszuspielen, um möglichst viele ihrer Kolonisten auf die Exoplaneten zu schicken. Die Spieler übernehmen dabei die Rolle des Anführers einer Konföderation, leiten die Arbeit der Ingenieure in der Odyssey-Kommandozentrale, überwachen den Bau der neuen Module in der Raumstation und organisieren den Umzug der Kolonisten in den Orbit, später auf die Exoplaneten.

Fünf zufällig ausgewählte Planeten gilt es in einer Partie Space Gate Odyssey zu bevölkern. Die dazu notwendigen Raumstationen sind allerdings noch nicht fertiggestellt. Die Spieler setzen als Leiter verschiedener Konföderationen ihre Ingenieure in den Kontrollräumen der internationalen Raumstation Odyssey ein, um die richtigen Tore und Module zu errichten. Sie entsenden ihre Kolonisten, um die neuen Planeten zu besiedeln. Geschicktes Platzieren der Ingenieure sowie der Module und raffiniertes Besiedeln von Planeten, um den eigenen Einfluss zu mehren, sind der Schlüssel zum Erfolg.

Aktionen und die Reise der Kolonisten

Über mehrere Runden sind die Spieler im Uhrzeigersinn an der Reihe und bewegen dazu einen ihrer Ingenieure von einem Kontrollraum der Qdyssey zu einem anderen und aktivieren diesen. Dann führt jeder Spieler, der dort Figuren stehen hat, entsprechend seiner Aktionspunkte die dortige Aktion aus. Auf diese Weise bauen die Spieler ihre Raumstation mit Modulen für Raumtore und Luftschleusen aus, bewegen Kolonisten und schalten Module an. 
Die Odyssey-Module steigern und verbessern dagegen das Aktionspotential in der internationalen Raumstation und wandeln sich nach Erhalt der Boni in simple Durchgangsmodule um. 
Über die Luftschleusen-Module kommen neue Kolonisten in die eigene Raumstation.
Ist ein Raumtor-Modul vollständig mit Kolonisten belegt, werden diese auf den per Raumtor verbundenen Exoplaneten befördert. Ist ein Planet komplett belegt, werden Einflusspunkte vergeben und das Raumtor wandert zum nächsten Planeten - am Ende auf den zentralen Planeten Hawking, wo jeder ankommende Kolonist sofort einen Punkt bekommt.

Sobald auf Hawking alle drei Raumtore platziert sind, endet das Spiel. Einflusspunkte werden nun für die verschiedenen Bereiche der eigenen Raumstation vergeben. Wer dort offenen Gänge hat, bekommt Punkte abgezogen. Wer so am Ende auf der Regierungsleiter von Hawking ganz oben steht, also die meisten Einflusspunkte besitzt, wird zum Präsidenten des neuen Planetensystems ernannt und gewinnt das Spiel.