Jeder der beiden Spieler verkörpert in Nagaraja einen Archäologen, der das Innere seines Tempels erkunden will. Das eigene Spielertableau zeigt dabei jeweils ein 3x3 Raum-Raster. Auf der dem Spieler zugewandten Seite gibt es drei Eingänge in den Tempel, in den anderen Außenwänden finden sich jeweils drei Nischen in denen verdeckte Artefakte platziert sind. Die Aufgabe der Spieler ist es, sich mittels der in den Bietphasen erworbenen Bodenplatten einen Weg durch das Tempelinnere zu den Artefakten zu bahnen und diese zu bergen. Ob die entdeckten Artefakte eventuell verflucht sind weiß man allerdings vorher nicht. Geborgene Artefakte bringen Siegpunkte in unterschiedlicher Höhe und auch die Amulette, die man eventuell in den Räumen des Tempels findet, sind Siegpunkte wert. Der Spieler der zuerst Beute im Wert von 25 Siegpunkten gemacht hat, gewinnt bei Nagaraja.
Neben dem eigenen Tempel-Tableau startet jeder Spieler mit einem Satz Schicksalsstäben und fünf Handkarten in das Spiel. Nagaraja läuft rundenweise ab. In jeder dieser Runden wird eine Bodenplatte aufgedeckt und, falls dort abgebildet, mit einem Amulett bestückt. Als nächstes können die Spieler ihre (durch die Schicksalsstäbe erwürfelten) Punkten bieten, um die ausliegende Bodenplatte zu erhalten. In einem zweiten Bietdurchgang können bei Bedarf und Möglichkeit noch zusätzlich eigene Handkarten aktiviert werden, um das Ergebnis zu untermauern oder aber zu den eigenen Gunsten zu verändern.
Wie läuft die Bietphase im Detail ab? Jeder Spieler setzt verdeckt beliebig viele Handkarten mit identischem Symbol ein, um mit der in deren oberen Bereich vorgegebenen Mischung an Schicksalsstäben würfeln zu können. Die Schicksalsstäbe gibt es in drei Arten. Während sich auf den Seiten der braunen nur unterschiedlich viele Schicksalspunkte finden, können bei den grünen und weißen auch Schlangensymbole auftauchen. Für jedes dieser Schlangensymbole kann man in der zweiten Bietrunde eine weitere eigene Handkarte ausspielen um ihre Aktion zu nutzen. So kann man z.B. direkte Schicksalspunkte generieren oder sogar gegnerische Stäbe von der Punktezählung ausschließen. Kehrseite der Medaille: die ausgespielten Handkarten sind damit aus dem Spiel und der Nachschub an Karten ist sehr, sehr spärlich. Ist die Bietphase beendet, erhält der Sieger die Bodenplatte, welche er gleich in seinen Tempel einbaut. Erreicht er dadurch ein Artefakt, wird dieses umgedreht. Der Verlierer hingegen wird neuer Startspieler und zieht drei Handkarten. Von diesen behält er zwei und gibt die dritte an seinen Gegenspieler weiter. Nagaraja endet sofort wenn ein Spieler 25 Punkte erreicht, sein drittes verfluchtes Artefakt umgedreht oder seine neunte Bodenplatte ersteigert und platziert hat.