Wieder einmal ist Professor Layton unzähligen Rätseln und einem großen Geheimnis auf der Spur. Begleite Professor Layton, seine Assistentin Emmy und seinen treuen Lehrling Luke auf einer spannenden Reise im Luftschiff Bostonius. Diesmal lockt euch ein mysteriöser Brief von Professor Desmond Locklair nach Snøborg, welcher behauptet, eine lebende Mumie entdeckt zu haben. Auf eurer Suche nach Professor Locklair begegnet ihr interessanten Stadtbewohnern, müsst knifflige Rätsel und zahlreiche Aufgaben lösen. Doch damit nicht genug. Habt ihr Professor Locklair und die lebende Mumie erstmal gefunden, geht die Suche nach dem Geheimnis dahinter erst richtig los. Es ist nämlich gar keine Mumie, sondern ein lebendiges Mädchen namens Aurora. Gleich nachdem ihr sie aus dem Eis befreit habt, wird sie von der geheimnisvollen Organisation Targent entführt. Der Anführer von Targent, Bronev, will das Geheimnis der Aslanti, einer uralten Zivilisation zu der Aurora gehört, lüften und für seine bösen Zwecke nutzen. Schafft ihr es ihm zuvorzukommen?
Professor Layton und das Vermächtnis von Aslant ist das neue Abenteuer des berühmten Professor Layton. Nachdem eure Truppe Snøborg erreicht hat, erfahrt ihr, dass Professor Locklair seit Tagen nicht mehr gesehen wurde. Ihr macht euch quer durch die Stadt auf die Suche nach ihm und sammelt auf eurem Weg Tipps und Ratschläge von Einwohnern oder umliegende Objekten. Zur Untersuchung eurer Umgebung bewegt ihr euch im Erkundungsmodus. Mit eurer Lupe könnt ihr den Bildschirm nach versteckten Hinweisen und Gegenständen durchsuchen. Ihr führt dazu einfach den Touchpen über den Bildschirm. Färbt sich die Lupe orange, so seid ihr auf etwas gestoßen. Berührt dann einfach die Person oder den Gegenstand noch einmal und ihr erhaltet weitere Informationen dazu. Färbt sich die Lupe blau, so ist das ein Zeichen dafür, dass ihr hier noch näher heranzoomen könnt. Auch dazu müsst ihr einfach erneut auf den Bildschirm tippen. Während eurer Suche könnt ihr auf versteckte Hinweismünzen stoßen, verborgene Rätsel aufdecken oder wichtige Informationen für den weiteren Spielverlauf sammeln. Spielt ihr online, habt ihr die Möglichkeit an einer StreetPass-Krempeljagd teilzunehmen. Dazu müsst ihr bestimmte Objekte auf eurem Bildschirm finden und erhält im Gegenzug unterschiedliche Geschenke. Ihr selbst könnt natürlich auch eigene Krempeljagden für andere StreetPass-Nutzer erstellen. Habt ihr genug vom Erkundungsmodus, müsst ihr einfach nur die Karte auf dem Bildschirm berühren.
Einige Rätsel dienen dazu, wichtige Hinweise oder Informationen aufzudecken. Erst wenn ihr die Rätsel gelöst habt, könnt ihr mit dem Spiel fortfahren. Andere Rätsel dienen dazu, die Einwohner oder die Umgebung besser kennen zu lernen oder Minispiele freizuschalten. Für jedes gelöste Rätsel könnt ihr Pikarat sammeln. Je nach Schwierigkeitsgrad gibt es unterschiedlich viele Pikarat zu gewinnen. Gibt man eine falsche Antwort, sinkt die Anzahl der Pikarat, die man für die Lösung des Rätsels bekommt. Bei schwierigen Aufgaben könnt ihr euch mit euren Hinweismünzen Hinweise kaufen. Außerdem steht euch die Notiz-Funktion zur Verfügung, falls ihr euch Anmerkungen machen wollt. Neben den Pikarat, könnt ihr auch Minispiele zur Belohnung erhalten, welche ihr unabhängig vom normalen Spiel, immer wieder spielen könnt. Gleich zu Beginn eurer Reise wird beispielsweise das Minispiel "perfektes Outfit" freigeschaltet. Hier könnt ihr modebewusste Kunden mit neuen Outfits ausstatten.
Die Minispiele und alle freigeschalteten Rätsel liegen in Professor Laytons Koffer. Genauso wie seine Einträge zu einzelnen Geheimnissen, seine Notizen zu den Beobachtungen und Vorfällen, die einzelnen Videoepisoden sowie die Speicherfunktion. Außerdem seht ihr auf dem zweiten Bildschirm euren Spielfortschritt, gesammelte Pikarat und Hinweismünzen, eure Spielzeit sowie den Ort, an dem ihr euch gerade befindet.
Jedes Mal, wenn ihr das Spiel verlasst und wieder betretet, bekommt ihr eine kurze Zusammenfassung über das, was bisher geschehen ist. In wenigen Sätzen wird erläutert, wo ihr euch gerade befindet und wie der Stand der Dinge ist. Diese Erinnerungshilfe ist äußerst praktisch, vor allem wenn man das Spiel länger nicht gespielt hat. So kann man nie vergessen wobei man gerade war oder was noch getan werden muss.