Beim Harry Potter Sammelkartenspiel versuchen sich zwei Hogwarts-Zauberschüler zu duellieren. Das Spiel läuft sehr ähnlich ab wie der Klassiker "Magic the Gathering", ist aber im Unterschied zum großen Bruder um einiges einfacher.

Das Spielziel ist es, dem Gegner möglichst viel Schaden zuzufügen. Wenn einem Spieler Schaden zugefügt wird, muss er entsprechend viele Karten von seinem Deck (Kartenstapel) auf den Ablagestapel legen. Diese Karten dürfen nicht mehr verwendet werden.

Zu Beginn des Spiels hat jeder Spieler 7 Karten auf der Hand. In jeder Runde darf man eine neue Karte ziehen. Es gibt Lektionen (die in etwa dem Mana in "Magic the Gathering" entsprechen), Zaubersprüche und Wesen. Lektionen sind notwendig, um Zaubersprüche und Wesen ausspielen zu können.

Auf jeder Zauberspruchs- bzw. Wesenskarte gibt eine Zahl an, wie viele Lektionen man bereits abgelegt haben muss, um die Karte auszuspielen. Außerdem muss mindestens eine dieser Lektionen dem bunten Zeichen entsprechen, das auf der Karte abgebildet ist.

Wesen fügen dem Gegner in jeder Runde Schaden zu, sodass die Decks relativ schnell kleiner werden. Jedes Wesen hat eine bestimmte Lebensenergie. Mit bestimmten Zauberspruchkarten kann man Wesen Schaden zufügen, um diese zu vernichten. Wenn der Schaden, den man einem Wesen zufügt, geringer ist als dessen Lebensenergie, wird die Differenz mittels kleiner Kartonplättchen gekennzeichnet.

Das Spiel endet, sobald das Deck eines Spielers aufgebraucht ist und dieser somit verloren hat.