Auf den Spuren von Jules Verne und der berühmten Nautilus begeben sich die Spieler in die Tiefen der Meere. Dort warten Schätze des sagenumwobenen Atlantis auf ihren Entdecker.

Der Spielplan zeigt vier verschiedene Meeresabschnitte unterschiedlicher Tiefe. In der Mitte des Plans befindet sich die Basisstation, das Herzstück der neuen Unterwassereinrichtung. Hier können die Spieler weitere Stationselemente anbauen.

Zu Beginn von „Nautilus“ werden die 60 Meeresfunde verdeckt auf dem Spielplan verteilt. Jeder Spieler erhält 50 Nemo (in diesem Teil des Ozeans die gängige Währung). Sein Geld wird man im Verlauf des Spieles in neue Bauten investieren, die je nach Bautiefe im Preis variieren. Die Mitspieler können sich gegen eine einmalige Gebühr in einen Stationsteil einmieten. Für die Stationsmehrheit einer Kategorie gibt es am Ende Punkte. Forschungsstationen bringen den Spielern außerdem nützliche Fähigkeiten wie höhere Geschwindigkeit oder Echolot.

Nun, da wir uns ein wenig eingerichtet haben, begeben wir uns endlich auf Schatzsuche. Jeder Spieler kann mit maximal drei U-Booten ausschwärmen, um Fundstücke aus Atlantis, Gold oder Schätze zu suchen und zu bergen.

Fundstücke bringen Punkte für die Endwertung. Atlantis-Funde werden nach Mehrheit gewertet.

Das Spiel endet, wenn eine der folgenden Situationen eintritt:
1.) Drei bestimmte Atlantis Funde wurden entdeckt
2.) Alle Atlantisfunde wurden in einer Runde entdeckt
3.) Kein Spieler kauft eine Station oder baut an

Für die Siegpunkte addiert man zuerst die Forschungspunkte in den fünf Bereichen zusammen und multipliziert diese mit den Punkten der Atlantisfunde und Meeresfunde. Danach wird noch das verbliebene Geld addiert.