Der Soldat Ninja Ryu Hayabusa muss einen Weg finden den Fluch auf seinem rechten Arm zu besiegen, bevor er besiegt wird. Die Neuerung für den dritten Teil sind: Sechs neue Waffentypen, ein neues Charakter-System und ein neues Schlachten-System mit einer verbesserten Künstlichen Intelligenz. Übers Gamepad können im Menü Waffen und Charaktere ausgewählt werden.